Музей основан в 1979 г. и открыт в 1982 г. Основой его стала коллекция художественного отдела Томского краеведческого музея, в которую входили небольшие разделы западноевропейского искусства XVII - XIX вв., древнерусских икон и металлопластики, живопись и графика русских художников XVIII - нач. ХХ вв. Сегодня коллекция насчитывает свыше 11000 единиц хранения.Это – уникальные и систематизированные коллекции. Преимущественную часть составляет современное искусство.