Композиция на восточной стене ансамбля в течение многих лет имела самые разные названия. Вазари (1568) полагал, что это «Орден святого Доминика». Итальянская исследовательница Серена Романо (1976) назвала её «Мистическим телом церкви». Существуют и иные названия этой большой фрески. В отечественной литературе её часто именуют "Триумф церкви". В композиционном отношении она подобна «Триумфу смерти», написанной Буффальмакко в пизанском Кампосанто: несколько разных сюжетов свободно объединены в одну большую живописную конструкцию.
Согласно идейному замыслу, церковь и её институты воплощают истинный путь к святости, при этом особое внимание уделяется ордену Святого Доминика. В левой части изображено здание церкви, прообразом которой был Флорентийский собор (в его создании Андреа Бонайути в 1366-67 годах принимал личное участие). Интересно, что к тому времени купол собора ещё не был построен, однако на фреске художник изобразил его уже с куполом. Перед зданием собора на троне восседают Папа, кардинал и епископ, а также император, король и граф, с одной стороны символизируя единство церковной и светской власти, с другой подчёркивая первенство церкви. Ниже них располагаются банкир, торговец, учёный, художник, женщина и представители более низких слоев общества. Сцена выражает представления доминиканцев об общественном устройстве. Все размещённые перед зрителем фигуры имеют конкретные исторические прототипы (Луттрель, 1972; Оффнер-Штайнвег, 1979). Принято считать, что фигура папы – это Урбан V (хотя С. Романо,1976, считает, что это Иннокентий VI), а фигура императора – Карл IV. Среди других исторических личностей называют Жиля де Альборно (в виде кардинала), Пьера де Лузиньяна или Петра I Кипрейского (в виде короля), Амадея VI Савойского (в виде графа). У подножия папского трона изображены овцы – намёк на паству и миссию пастыря. Перед ними черно-белые собаки, стерегущие стадо. Они являются символом доминиканского ордена - «domini canes» - т.е. «Божьи псы», защищающие паству от опасности. Причём, один пёс обращен в сторону духовенства, другой в сторону светских властей - свидетельство той роли, на которую претендовал Доминиканский орден. Стая собак, направляемая св. Домиником, символизирует спасение орденом заблудших душ и уничтожение волков – еретиков и лжепророков. Далее вправо изображён св. Пётр-Мученик, перечисляющий на пальцах ошибки и заблуждения двенадцати лжеапостолов, которые специально изображены над волками. Далее стоит Фома Аквинский, раскрывший перед группой персонажей книгу «Сумма против язычников».

Чуть выше в центре фрески изображён монах, отпускающий грехи коленопреклонённому человеку. Справа от него находится сцена, не имеющая однозначной интерпретации: изображена панорама цветущих садов. Карабкающиеся на деревья и поедающие вкусные плоды дети символизируют очищение от грехов, а играющие на музыкальных инструментах и танцующие девушки, вероятно, воплощают семь смертных грехов. Самой сложной для интерпретации оказалась композиция из четырёх сидящих возле живой изгороди фигур. Вазари (1568) ассоциировал с ними мирские удовольствия и пристрастия, и большинство современных исследователей придерживаются этой точки зрения. Джозеф Польцер (1995) усматривает в этих персонажах четыре возраста человеческой жизни, а Маргарете Дик (1997) считает их персонификацией внутренних греховных помыслов, по мнению идеолога росписей Фра Джакопо Пассаванти, мешающих людям прийти на исповедь и покаяться – это Ложный стыд, Ложный страх, Чрезмерное упование на Милость божию, и Отчаяние. Слева от сцены покаяния св. Доминик указывает мужам и жёнам верный путь к Райским вратам. У врат Небесной обители стоит св. Пётр, принимающий толпы праведников. За Райскими вратами виднеются тесные ряды многочисленных святых. Лики их устремлены не на входящих, а высоко в небо, где изображён Христос во славе, окружённый поющими и танцующими ангелами. Среди них можно видеть Мадонну, которая значительно отличается размерами. Шкала тщательно продуманных размеров персонажей, каждый из которых должен соответствовать занимаемому статусу, является важной составляющей средневековой иконографии.

На противоположной стене находится фреска с изображением «Апофеоза Фомы Аквинского». Её композиция отличается некоторым схематизмом и симметричностью построения. В центре в верхней части картины на троне восседает Святой Фома в мандорле; он держит раскрытую книгу, на страницах которой написано изречение из «Книги премудрости Соломона». Выражение лица святого и разворот его фигуры обнаруживают сильное влияние фрески из церкви Сан Франческо в Ассизи, и перекликаются с известным «Триумфом св. Фомы», созданным Липпо Мемми. У его ног можно видеть трёх поверженных светом его учения еретиков – это Сабеллиус, Аверроэс и Арий – фигуры их ничтожны в сравнении с фигурой св. Фомы. Вокруг роскошного готического трона парят семь главных добродетелей, а по сторонам от Фомы расположились пророки – Иов, Давид, Моисей, Исайя, Соломон, апостол Павел, и четыре евангелиста Марк, Иоанн, Матфей и Лука.
В нижней части фрески изображены четырнадцать тронов, разделённых посередине узким промежутком. Справа восседают аллегории Свободных искусств: Грамматика, Риторика, Диалектика, Музыка, Астрономия, Геометрия, Арифметика, под которыми располагаются соответствующие античные и библейские представители каждой науки: Присциан, Цицерон, Зенон, Тубалкаин, Птолемей, Эвклид, Пифагор. Каждому трону соответствует одна из семи планет. Символика женских фигур с левой стороны затруднена тем, что подписи под ними давно стёрлись. Вазари (1568) утверждал, что они олицетворяют семь теологических дисциплин. Шлоссер (1896) полагал, что они символизируют Гражданское право, Каноническое право, Физику и теологические науки, представленные Историей, Догматикой, Этикой и Мистикой. Современные исследователи в целом согласны с такой интерпретацией; выдающиеся представители каждой дисциплины, изображённые ниже - это соответственно Император Юстиниан, папа Иннокентий IV, Гиппократ, св. Иероним, св. Дионисий Ареопагит, Иоанн Златоуст и св. Августин.
Южная стена, где располагается главный вход, покрыта фресками со сценами из жизни св. Петра-мученика. Часть этих фресок была переписана предположительно в 1592 году. Особый акцент здесь делается на чудеса, совершаемые св. Петром уже после мученической кончины, в частности на простенке между окнами изображено как пилигримы ищут у его могилы исцеления и утешения. Присутствие в росписях св. Петра-мученика учёные считают следствием желания доминиканцев придать более весомую значимость внешней деятельности их ордена, в то время как присутствие св. Фомы должно выражать внутреннее, идейное кредо этой организации.
В построении сюжетов и их компоновке Андреа Бонайути пользовался рецептами предшествовавших и современных ему мастеров. Кроме того, что он ориентировался на росписи Буффальмакко в пизанским Кампосанто, художник опирался на росписи Джотто в Ассизи и произведения братьев Лоренцетти; манера построения образов и фигур напоминает о работах Аньоло Гадди и Джованни да Милано, который приблизительно в это же время (1365г) расписывал капеллу Ринуччи в ц. Санта Кроче. Фрескам Бонайути присущ спокойный повествовательный тон, лишенный излишней экспрессии и драматизма даже при изображении трагических сюжетов, таких, как «Распятие». Исследователи также говорят о некоторой сухости исполнения, об ограниченной палитре жестов, поз и мимики персонажей, чьи лица подчас выглядят застывшими и лишёнными эмоций. Большим контрастом к этим недостаткам является экстравагантное и щедрое на детали изображение одежд, причёсок и головных уборов. Колорит росписей выдаёт особое пристрастие живописца к ярким цветовым эффектам.